Единственный Як-42А (А-административный) — эспериментальная модель, с другими, в отличии от Як-42Д доработками, в т.ч. и большего размера основная входная дверь у кабины пилота. В последствии его назвали Як-42Д, чтоб проще было получить сертификат летной годности, имеющиеся отличия сертифицировали как модернизацию. Участник Ле-Бурже 1993.
Основные отличия: Модифицированный навигационный комплекс, ВСУ ТА-12 вместо ТА-6В, выпуск спойлеров в полете на 15 градусов, дополнительные промежуточные положения закрылков 10 и 30 градусов, увеличенная левая входная дверь.
В 2006 году салон переоборудован для перевозки пассажиров категории VIP.